Професор д-р Стефан Ковачев е специалист акушер-гинеколог в София с над 33 години опит по специалността и с тясно профилиране в областта на гинекологията и онкогинекологията. Професионалната му дейност е свързана с профилактиката и диагностиката на гинекологичните и онкогинекологични заболявания на женската полова система и с тяхното консервативно и оперативно лечение: класическо хирургично (радикално, свръхрадикално), ендоскопско (лапароскопско, хистероскопско) и асистирано с роботизирана система  Da Vinci.

До края на 2024 г. проф. Ковачев е началник на Клиника по обща и онкологична гинекология на Военномедицинска академия, София, където преминават 27 г. от неговото префесионално развитие. От началото на 2025 г. последователно той е началник на Клиника по гинекология към УСБАЛ по онкология „Проф. д-р И. Черноземски“, София и в последствие началник на Клиника по гинекология към МБАЛ „Доверие“, София.

Проф. Ковачев е разработил и защитил 2 научни труда по специалността „Акушерство и гинекология“, автор е на две самостоятелни научни монографии и е участвал активно (с доклади) в много национални, регионални, европейски и световни научни форуми. Той е също така автор и съавтор на над 260 научни публикации в специализирани научни издания в България и чужбина, от които 46 в индексирани издания с импакт фактор. Изследовател и участник в няколко общоевропейски и световни онкогинекологични и хирургични проекти на European Society of Gynaecological Oncology (ESGO), свързани с рак на маточната шийка и рак на яйчника. Многократно номиниран и награждаван в ежегодната класация “Лекарите, на които вярваме“ от 2013 г. до днес.